在公司扣繳薪資所得方面：

• 企業補助勞工健康檢查費，不分金額多寡，若非屬政府所訂勞工安全衛生相關法規，指定應強制定期進行的健康檢查，都要視為是勞工的薪資課稅。且在申報所得稅時，若非屬醫療目的所做的健康檢查，健檢費亦不可以納入醫藥費申報抵稅。
• 健檢費包含三項，即雇主在僱用勞工時，施行「體格檢查」、對在職勞工施行「定期健康檢查」，以及對於從事特別危害健康之作業者，定期施行「特定項目之健康檢查」。其中，定期健康檢查及特定項目之健康檢查是公司依照勞工安全衛生法負擔的健康檢查費用，由公司代員工支付時，可免視為勞工薪資所得課稅。
• 公司在僱用員工時（新到職），對員工施行「體格檢查」所負擔的費用，則屬員工職務上取得的補助費，屬於薪資所得一部分，應在發放時依各類所得扣繳率標準扣繳稅款。

在員工申報綜所稅方面：

• 員工在申報所得稅時，若非屬醫療目的所做的健康檢查，健檢費亦不可以納入醫藥費申報抵稅。
• 基於對個人健康狀態的掌握，在醫療院所所做的一般性健康檢查，不可以用來扣抵個人綜合所得。財政部說，除非經醫生診斷後，認為有必要進行的健康檢查，由民眾自行支付的費用才是「醫藥費」抵稅項目，可以申報扣除。

所以無論公司或員工，在健檢費上的處理方式不盡相同，在入帳與申報上如有任何問題或與模糊的地方，歡迎與我們聯繫協助判斷，以免漏扣繳承擔補稅與查的風險喔。

參考來源：經濟日報